Baptistförsamlingen i Malmö bildades 1989 genom sammanslagning av Sikemförsamlingen i Malmö och Malmö Baptistförsamling. Församlingens namn ändrades 2006 till Hyllie Park Kyrkan.

Malmö Baptistförsamling bildades 1870 och var ansluten till Sällskapet Svenska Baptistmissionen (Sv. Baptistsamfundet). Efter att man till en början samlats i lägenheter och mindre hyrda lokaler inköptes 1889 en tomt på Jerusalemsgatan. Redan sju månader senare invigdes Ebenezerkapellet, den 6 juni 1890. 1930 ändrades namnet till Ebenezerkyrkan. Detta var församlingens huvudsakliga hemvist fram till den 15 april 1968, då flyttning skedde till provisoriska lokaler i "Parkhyddan" vid Rönneholmsparken. Flyttningen berodde på att kyrkfastigheten hade sålts till det bolag som skulle bygga Caroli City. 1972 inköptes en fastighet vid Erikslust och 1973 invigdes Västervångkyrkan där verksamheten bedrevs till våren 1996 då den flyttades till Hyllie Park.

Malmö Baptistförsamling har under årens lopp haft verksamhet på flera platser i Malmös omgivning. Verksamheter som i flera fall resulterat i bildandet av lokala församlingar. Bland dessa kan nämnas Lunds Baptistförsamling (1889) och Landskrona Baptistförsamling (1912). Vid några tillfällen har också nya församlingsbildningar i Malmö medfört att medlemmar flyttat till dessa församlingar. Elim (1911), Sikem (1929) och Korskyrkan (1938).